目前，我國(guó)科學(xué)研究機(jī)構(gòu)除中國(guó)科學(xué)院系統(tǒng)的研究機(jī)構(gòu)外，行業(yè)科研院所都轉(zhuǎn)制為科技企業(yè)�？蒲性核�企業(yè)化轉(zhuǎn)制取得了顯著的成效，但也帶來(lái)了新的問(wèn)題。面對(duì)生存和發(fā)展壓力，科研機(jī)構(gòu)把更多的精力和注意力聚焦在市場(chǎng)上，客觀上造成科技創(chuàng)新能力不同程度上的削弱；科技創(chuàng)新向兩翼化發(fā)展，高新技術(shù)和基礎(chǔ)研究力量有所削弱，可持續(xù)發(fā)展后勁不足。
　　國(guó)家監(jiān)管的十幾家行業(yè)綜合性科研機(jī)構(gòu)，是科技創(chuàng)新的主導(dǎo)力量，但目前在機(jī)構(gòu)設(shè)置、職能定位、運(yùn)行機(jī)制等方面，與科技自身發(fā)展規(guī)律仍存在一定的不適應(yīng)性，需要從深化科研機(jī)構(gòu)改革入手，加快建立現(xiàn)代科研院所制度。
行業(yè)前沿、關(guān)鍵、共性技術(shù)的研發(fā)，代表一個(gè)行業(yè)乃至整個(gè)國(guó)家的科技水平。國(guó)家應(yīng)在行業(yè)應(yīng)用基礎(chǔ)研究、高技術(shù)研究等社會(huì)公益研究方面加大扶持力度，建立穩(wěn)定的投入機(jī)制，并在科研條件建設(shè)上加大支持力度，繼續(xù)發(fā)揮院所在國(guó)家科技創(chuàng)新體系中的骨干作用。
　　要注重內(nèi)部改革。重在理順內(nèi)部機(jī)制，形成管理科學(xué)規(guī)范、行業(yè)服務(wù)職能健全完善、提高自主創(chuàng)新能力的運(yùn)行機(jī)制。
　　建立科研機(jī)構(gòu)開(kāi)放合作機(jī)制。通過(guò)政策引導(dǎo)等手段，加快建立和完善科研機(jī)構(gòu)、高等院校和企業(yè)多層次的科研體系，形成開(kāi)放合作的機(jī)制。強(qiáng)化科研機(jī)構(gòu)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、成果轉(zhuǎn)化和技術(shù)服務(wù)的核心作用，發(fā)揮高等院校在基礎(chǔ)研究領(lǐng)域的重要作用，進(jìn)行重大科技難題攻關(guān)。